尽管肾元胶囊在临床应用中疗效显著，但其安全性仍需关注。常见副作用包括胃肠道不适（如恶心、呕吐、腹泻）、过敏反应（皮疹、瘙痒）及血压波动。少数患者可能出现肝功能异常，表现为转氨酶升高，需及时停药并就医。

药物成分的特殊性是副作用的主要来源。水蛭素虽具有抗凝作用，但过量使用可能增加出血风险；益母草的利尿作用可能导致电解质紊乱，尤其对老年患者需谨慎。此外，中药成分的复杂性可能引发个体差异反应，如对瓜子金过敏者可能出现呼吸困难等严重症状。

为降低风险，建议遵循以下原则：1. 严格掌握适应症，避免超范围用药；2. 定期监测肝肾功能及电解质水平；3. 孕妇、哺乳期女性及儿童禁用；4. 避免与抗凝药、利尿剂联用，以防药物相互作用。若出现严重副作用，应立即停药并寻求专业医疗帮助。